学科现有科研人员74人，教授18人（2级教授6人）、副教授19人、博士63人；队伍中拥有国家科技创新领军人才1人、科技部“创新人才推进计划”中青年科技创新领军人才1人、教育部新世纪优秀人才4人、享受国务院特殊津贴专家2人、浙江省科技创新领军人才2人、省杰青1人、省“151”跨世纪人才9人次（第一层次1人）、省领军人才1人，ESI高被引作者3人，是一支职称年龄结构合理、学位层次高、充满活力的生态科研创新队伍。

多年来学科一直坚持基础研究与应用研究并重，凝炼形成了植物生态学、微生物生态学、生态系统生态学、次生代谢生态学和修复生态学五大具有鲜明特色的研究方向：植物生态学方向，以植物对环境变化的适应性为主线，以珍稀濒危物种保育与开发、克隆植物适应环境机制、湿地植物种群生态学为研究特色，开展珍稀濒危植物濒危机制、繁育与资源开发，克隆性对植物适应性和入侵性的贡献、克隆植物和湿地植物种群统计学和群落生态学等研究。微生物生态学方向，以微生物与环境互作为主线，以肠道微生物生态学和土壤微生物生态学为重点，积极开展药物与肠道微生物的相互作用机制及疾病的治疗机制、土壤微生物反馈、植物－微生物相互作用的研究，同时重点开展微生物源生物活性物质的挖掘与利用，开展以微生物源次生代谢产物为核心的新药研发；开展以纳米生物材料和微生物为核心的人类及动物益生菌剂、免疫增强剂、疫苗等产品的研发。生态系统生态学方向，以森林生态系统为主要研究对象，重点开展极端气象条件下生态系统生物元素循环、污染物质源-汇-库格局及其调控机制研究，同时，积极开展污染环境生态修复等应用研究，为生态系统管理、流域污染控制以及区域碳中和提供科学依据和技术支撑。次生代谢生态学方向，以植物次生代谢产物环境诱导合成与积累为主线，围绕植物次生代谢生态学领域开展重点攻关，力争在植物（含中药材、药用植物、珍稀濒危植物等）次生代谢的结构鉴定、化学分类、活性评价、环境诱导和调控机制等研究方向形成特色、取得一批科研成果，深化和丰富次生代谢生态学学科知识体系。同时重点开展植物源保健食品的开发；中药多糖等保健产品开发、中药道地性评价等应用研究。修复生态学方向，围绕生物入侵危害、寄生植物危害等，针对台州典型脆弱生态系统受损机制及受损生态系统，开展植物入侵机制、入侵植物防控机制及关键技术、寄生植物与本地植物共存机制、寄生植物综合防控技术等相关研究，不断丰富修复生态学的理论与实践；同时针对医化废水及固体废弃物开展生物、化学、物理等综合治理研究等，构建关键技术并示范，以期为台州医药化工产业可持续发展及生态环境建设提供技术支撑。